El Programa IBAM realiza investigación en distintas áreas de interés:

Biodiversidad y Sistemática. Integra conocimientos de áreas diferentes, tales como la morfología, la reproducción, la citología, la genética, el comportamiento, la biología evolutiva. La clasificación y conservación de los recursos naturales así como el conocimiento de la diversidad y variación de poblaciones y especies son aspectos claves que requieren su divulgación a  nivel regional, nacional e internacional.

Conservación y sostenibilidad. Incluye estudios del efecto de la transformación del ambiente sobre la biodiversidad en todos sus niveles de organización; al igual que la relación sociedad humana y desarrollo sostenible mediante acciones comunitarias y medidas de restauración que permitan la conservación de esa diversidad.